sjPlot 1.6 – major revisions, anyone for beta testing? #rstats

In the last couple of weeks I have rewritten some core parts of my sjPlot-package and also revised the package- and online documentation.

Most notably are the changes that affect theming and appearance of plots and figures. There’s a new function called sjp.setTheme which now sets theme-options for all sjp-functions, which means

  1. you only need to specify theme / appearance option once and no longer need to repeat these parameter for each sjp-function call you make
  2. due to this change, all sjp-functions have much less parameters, making the functions and documentation clearer

Furthermore, due to some problems with connecting / updating to the RPubs server, I decided to upload my online documentation for the package to my own site. You will now find the latest, comprehensive documentation and examples for various functions of the sjPlot package at www.strengejacke.de/sjPlot/. For instance, take a look at customizing plot appearance and see how the new theming feature of the package allows both easier customization of plots as well as better integration of theming packages like ggthemr or ggthemes.

Updating the sjPlot package to CRAN is planned soon, however, I kindly ask you to test the current development snapshot, which is hosted on GitHub. You can easily install the package from there using the devtools-package (devtools::install_github("devel", "sjPlot")). The current snapshot is (very) stable and I appreciate any feedbacks or bug reports (if possible, use the issue tracker from GitHub).

The current change log with all new function, changes and bug fixes can also be found on GitHub.

sjPlot 1.6 – major revisions, anyone for beta testing? #rstats

Developer snapshots of #sjPlot-package now on #Github #rstats

Finally, I managed to setup a GitHub repository. From now on, the latest developer snapshot of my sjPlot-package will be published right here: https://github.com/sjPlot/devel.

Please post issues there, download the latest developer build for testing purposes or help developing the wiki-page with examples for package usage etc.

Btw, if somebody knows, why I can’t get GitHub running with RStudio, let me know… I always get this issue, which was already reported by other users. Currently, I’m using the GitHub.app to commit changes.

Developer snapshots of #sjPlot-package now on #Github #rstats

Zettelkasten 3.2

Es ist mal wieder Zeit, den Zettelkasten zu bewerben, auch vor dem Hintergrund, dass gerade die Version 3.2 erschienen ist, die neben vielen Neuerungen vor allem auch eine aufgeräumtere Oberfläche mitbringt.
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Die “Meta-Informationen” zum Zettel sind nicht mehr verstreut, sondern finden sich alle kompakt in der Kopfzeile. Sonstige Vermerke sowie Quellenangaben wurden in den Anhangsbereich des Zettels integriert.
Eine weitere Änderung betrifft die Exportmöglichkeiten. Während im Beitrag Vom Zettel zum Text noch der LaTex-Export und die mögliche Weiterverarbeitung des Textentwurfs in Office-Dateien beschrieben wurde, können die Daten in der aktuellen Version auch direkt in die gängigen Office-Formate wie Office Open XML (Word docx) oder Open Document Text (OpenOffice oft) exportiert werden (eine entsprechende Anleitung gibt es hier).
Die nächsten Updates konzentrieren sich auf die Erweiterung der Im- und Exportmöglichkeiten. Unter anderem plane ich, Websites aus einem Browser direkt per Drag&Drop ins Zettelkastenfenster zu importieren. Bei z.B. WordPress-Blogs kann man sehr genau feststellen, wo der Inhalt eines Beitrags steht, sodass dieser direkt extrahiert und als neuer Zettel übernommen werden kann. Auch eine Schnittstelle zu Evernote ist geplant, um den Datenaustausch zwischen Zettelkasten und Evernote zu vereinfachen.

Zettelkasten 3.2

Migrating from SPSS to R #rstats

Preface
I will every now and then post my experience with R, a package for statistical analyses. I try to show some solutions for common types of analyses or problems you are facing when you start working with R. These “tutorials” especially address people who are used to work with SPSS or maybe also Strata.

Since I myself am new to R, my solutions probably are not the most elegant ones! Thus, any feedback is welcome!

Summary
This post just shows how to properly import SPSS data and get access to data values, variable and value labels. We need this basics for later tutorials where I focus on proper graphical output.

Why R?
I recently started using the statistical package R to do my statistical analyses at work. We all have SPSS licences at work, but still I was interested in testing R for some reasons:

  • It’s free and runs on Windows, Mac and Linux
  • The amount of different statistical analyses / modeling
  • The various possibilities of creating graphics (see, e.g., here, here or here)

Migration, step 1: Installation
First of all, R only provides a console for any input and output and has no GUI (graphical user interface). This is probably the most hindering reason for migrating from SPSS to R, because calculating cross tabs on the fly, for instance, is not as easy as in SPSS. So, the first step when you have downloaded R and want to use it is to download a nice editor for it, too.

I would recommend R Studio, because it’s also free, runs on Windows/Mac/Linux, it’s beautiful and supports much the work with R.

Continue reading this posting…

Migrating from SPSS to R #rstats

Das Dilemma der Literaturverwaltung

Beim Schreiben meines letzten Artikels habe ich wieder genervt festgestellt, wie viel Arbeit einem ein gutes Literaturverwaltungsprogramm abnehmen kann. Doch welches Programm soll man verwenden? Lässt sich dieses Programm in die Textverarbeitung integrieren? Und: Gibt es diese Anwendungen überhaupt für mein Betriebssystem?

Mein Liebling: Pages aus iWork
Am liebsten schreibe ich mit Pages, weil es einfach schick ist. Ästhetik spielt für mich beim Schreiben eine gewisse Rolle. Leider, leider unterstützt Pages keine Querverweise, weshalb es auch keine Literaturverwaltung dafür gibt (falls ich mich irre, bitte in den Kommentaren darauf hinweisen…). Zudem läuft iWork nur auf Mac, und bei der Arbeit nutze ich gezwungenermaßen einen Windows-Laptop…
Nachtrag: EndNote ist laut Herstellerangaben in der Lage, sich in Pages zu integrieren.

Die Alternative: Word
Ok, keine wirkliche Alternative. Bei längeren Texten oft nervig, zumal ich von Arbeitsseite nur die 2003er-Version lizensiert habe, und das .doc-Format mag ich nicht.

Das Ideal: LaTex
LaTex wäre eigentlich ideal. Läuft auf Windows, Mac und Linux, es gibt keine Kompatibilitätsprobleme, das Layout sieht immer gleich und vor allem immer super aus. Für Einsteiger eignet sich das Programm Lyx, das ich auch in diesem Beitrag kurz erwähnt habe. Aber der WYSIWYG-Vorteil bei Lyx ist merkwürdigerweise gewöhnungsbedürftig, wenn man mit LaTex arbeitet. Ein guter Texteditor für LaTex ist JLatexEditor, der ebenfalls auf Windows, Mac und Linux läuft. Die Literaturverwaltung ist in LaTex natürlich nahezu optimal, man kann x-beliebige Programme verwenden, die das bibtex-Format unterstützen (BibDesk, JabRef, Mendeley, um nur einige zu nennen).

Der große Nachteil: Abgesehen von Lyx, das einen einigermaßen brauchbaren Export der LaTex-Datei ins ODF-Format anbietet, kann man nur PDF-Dateien erstellen. Schreibt man einen Artikel und möchte diesen einreichen, kann man dies also nur vernünftig als Tex- oder PDF-Datei machen. Im naturwissenschaftlichen Bereich ist dies weniger problematisch, aber vor allem Verlage im Bereich der Sozialwissenschaften verlangen noch Word- oder RTF-Dateien.

Meine Lösung: LibreOffice bzw. OpenOffice
Die Lösung, die ich jetzt für mich gefunden habe, ist LibreOffice. Diese Textverarbeitung nutze ich zwar schon länger, aber jetzt wird es systematisch für wissenschaftliche Artikel und Arbeiten eingesetzt. Als Literaturverwaltung verwende ich BibDesk zur Eingabe der Literatur und JabRef für die Integration in LibreOffice. Denn für JabRef gibt es ein Plugin für OpenOffice bzw. LibreOffice, das JabRef an LibreOffice “andockt” und per Klick die Referenzen einfügt. Das einzige, was man dazu braucht, sind so genannte jstyle-Dateien, die angeben, wie die Zitation formatiert werden soll. So lassen sich im Handumdrehen alle Zitate und das Literaturverzeichnis per Mausklick nach eigenem Wunsch formatiert erstellen.

Einziger Wehrmutstropfen: LibreOffice sieht nicht sehr schick aus. Unter Windows fällt es nicht so sehr auf, vermutlich weil man dort eh weniger Ästhetik gewohnt ist. Aber auf Mac merkt man es doch deutlich, leider…

Der Vorteil
Unkompliziert, kostenlos und läuft auf allen Systemen. Zudem scheint mir LibreOffice Writer etwas stabiler als MS Word zu sein.

JabRef-OOPlugin und LibreOffice auf Mac
Wer LibreOffice, JabRef und das PlugIn auf Mac einsetzt, wird vermutlich feststellen, dass die Verbindung von JabRef zu LibreOffice nicht hergestellt werden kann. Dies liegt daran, dass die eine Anwendung (LibreOffice) als 32bit läuft, die andere (JabRef) als 64bit. Dies lässt sich durch folgende Terminal-Eingaben ändern (Quelle):

cd /Applications/JabRef.app/Contents/MacOS
lipo JavaApplicationStub -remove x86_64 -output JavaApplicationStub

Zitationsstile: jstyle-Dateien
Anbei meine ersten Versuche für Zitationsstile. Diese biete ich als jstyle-Dateien als Download an. Achtung! Keine Garantie für korrekte Umsetzung der Zitationsrichtlinien! Verbesserungsvorschläge bitte in die Kommentare.

Anleitung zum Erstellen eigener jstyle-Dateien

Downloads

Update: Hab Versionsnummern hinzugefügt, damit man sofort sieht, wenn ich die Style-Dateien aktualisiert habe.

2. Update: Jetzt habe ich noch eine andere Lösung gefunden, um meine Literatur zu verwalten, die ich noch etwas geeigneter finde.

Das Dilemma der Literaturverwaltung

Zettelkasten 3.1.7

Heute ist eine neue Version des Zettelkastens erschienen. Neben der Beseitigung einiger Fehler aus den vorigen Versionen gibt es auch zahlreiche Neuerungen, die an dieser Stelle im Detail aufgelistet sind.

Überarbeiteter LaTex-Export
Für die LaTex-Anwender, und hier speziell für diejenigen, die sich für die Form-Gleichungen Spencer-Browns interessieren, ist sicherlich der überarbeitete Export von Schreibtisch-Daten ins LaTex-Format hervorzuheben.

Weiterlesen und Beispielvideo anzeigen…

Zettelkasten 3.1.7

Vom Zettel zum Text

Gelegentlich wird der Zettelkasten als Literaturverwaltung beschrieben. Das ist eigentlich genau nicht der Fall, denn vernünftig Literatur verwalten wie bspw. mit BibDesk oder JabRef geht mit dem Zettelkasten nicht. Vielmehr soll der Zettelkasten dazu dienen, das Erstellen und Vorbereiten von Texten zu erleichtern. Dazu jedoch bietet es sich an, parallel zum Zettekasten eine Literaturverwaltung zu verwenden. Wie das ganze dann nachher verwendet werden kann, soll in diesem Beitrag kurz gezeigt werden…

1. Etwas lesen
Zuerst müssen Zettel erstellt, d.h. also etwas gelesen werden. Das, was gelesen wird, sollte erst einmal in das Literaturverwaltungsprogramm der Wahl (BibDesk, JabRef, Citavi, Bibliographix, Zotero…) eingetragen werden. Damit erspart man sich später unter Umständen das mühsame Erstellen von Literaturverzeichnissen. Anschließend wird gelesen und exzerpiert. Idealerweise nicht pauschal per Copy & Paste, auch keine ewig langen Zettel. Zu empfehlen ist eine Arbeitsweise, wie ich sie hier beschrieben habe.

2. Etwas eingeben – Zettel erstellen
Das Gelesene kann nun im Zettelkasten verwertet werden. Am Anfang ist das Anlegen neuer Zettel vielleicht noch einfach, mit der Zeit wird der Umfang an Literatur und Schlagwörtern immer größer und die Zuordnung / Verschlagwortung schwieriger. Dabei unterstützt der Zettelkasten jedoch (Grundlegendes siehe hier).

3. Literaturangaben im Zettelkasten
Bereits während der Neueingabe von Zetteln ist es empfehlenswert, so genannte Literaturfußnoten zu erstellen. Dazu sollte die zuvor in der Literaturverwaltung gespeicherte Literatur in den Zettelkasten importiert werden – man kann aber auch später Literaturangaben im Zettelkasten mit den entsprechenden Einträgen aus einem Literaturverwaltungsprogramm verknüpfen (über das Zuweisen von bibkeys).

4. Textproduktion: Gliederung
Angelehnt an (salopp beschrieben) Luhmanns Vorgehen, Zettel auf dem Schreibtisch auszubreiten, anzuordnen und zu einem zusammenhängenden Text zusammen zu stellen, gibt es im Zettelkasten die so genannte Schreibtischfunktion. Diese setzt voraus, das bereits einige Zettel im Zettelkasten eingetragen wurden.

Weiterlesen und Beispielvideos anzeigen…

Vom Zettel zum Text

Zettelkasten jetzt unter Open Source Lizenz!

Derzeit arbeite ich an Version 3.1.6 des Zettelkastens. Eine der wesentlichen Änderungen dieser Version ist die neue Lizenz: Der Zettelkasten wird ab Version 3.1.6 unter der GNU GPL V3 Lizenz veröffentlicht.

Da der Zettelkasten mit NetBeans erstellt wird, bietet es sich an, auf die integrierte Team-Server Funktion zurückzugreifen, und in diesem Zusammenhang java.net als Hosting-Platform zu verwenden.

Der Source-Code ist bereits verfügbar, das Projekt ist unter http://java.net/projects/zettelkasten/ zu finden. Da derzeit die Struktur von java.net überarbeitet wird (kenai.com wird integriert), sind noch nicht alle Administrator-Funktionen verfügbar. So ist das Projekt derzeit nur “privat”, d.h. wer Interesse am Source oder gar an der Mitwirkung und Weiterentwicklung des Zettelkastens hat muss sich in einem ersten Schritt bei java.net (kostenlos) registrieren und mir anschließend eine E-Mail mit dem Nutzernamen schicken. Ich kann dann, als Projekt-Admin, neue Nutzer via Benutzernamen hinzufügen.

Denkbar sind verschiedene Formen der Mitwirkung, z.B. ohne größere Programmierkenntnisse:

  • Übersetzung der Sprachdateien
  • Sourcecode-Prüfung auf Verständlichkeit (sind alle Methoden ausreichend kommentiert, steigt man als “Projektneuling” durch den Sourcecode durch…)
  • Erweiterung und Ergänzung der Kommentierung und Dokumentation des Sourcecodes und der Bibliotheken (wegen siehe voriger Punkt)

oder aber mit Interesse am Programmieren:

  • Sourcecode überarbeiten / optimieren
  • Implementation neuer Funktionen
  • Beseitigung von Fehlern
  • Schreiben eigener kleiner Bibliotheken (auch außerhalb des ZKN-Projekts), die sich dann in den ZKN integrieren lassen bzw. vom ZKN genutzt werden können
Zettelkasten jetzt unter Open Source Lizenz!

Zettelkasten bald Open Source?

Die Planung für die nächste Zettelkasten-Version steht fest. Die Arbeit daran wurde bereits aufgenommen. Zwei wesentliche Änderungen wird es in der nächsten Version (3.2) geben:

  • Zum einen eine neue Eingabemaske, in der die Text- und Absatzformatierungen direkt sichtbar sind und nicht durch die so genannten “Format-Tags” dargestellt werden. Das Eingeben neuer Zettel wird dadurch deutlich komfortabler, in etwa vergleichbar wie man es von Textverarbeitungsprogrammen kennt (siehe dazu auch die Entwicklungswünsche hier und hier.
  • Zum anderen wird es eine Änderung der Lizenz geben. Bisher wird der Zettelkasten als Freeware angeboten. Ab Version 3.2 wird der Zettelkasten unter einer Open Source Lizenz veröffentlich, voraussichtlich unter der GNU GPL V3.

Für die praktische Anwendung macht dies keinen Unterschied, das Programm wird weiterhin kostenlos unter http://zettelkasten.danielluedecke.de verfügbar sein.

Der Zettelkasten wird als Open Source auf kenai.com verwaltet. Wer Interesse an der Mitarbeit hat, kann sich gerne bei mir melden. Die Möglichkeiten der Unterstützung sind vielfältig, angefangen bei Fehlersuchen und -melden über Kommentar- und Übersetzungsarbeiten bis hin zur aktiven Programmierung am Zettelkasten. Genauere Informationen gibt es in der Wiki. Da der Zettelkasten mit NetBeans entwickelt wurde, empfiehlt es sich (und ich würde es begrüßen), bei der aktiven Mitentwicklung des Programms ebenfalls diese IDE zu verwenden.

Zettelkasten bald Open Source?

Medical Free and Open Source Software

Auf dieser Seite gibt es eine Sammlung an Open Source Software, die im (medizinisch-)wissenschaftlichen Bereich oder ganz allgemein im Gesundheitswesen zum Einsatz kommen können.

Gesucht werden kann einerseits nach Art der Software (Statistik, Krankenhausmanagement) oder nach Funktion für die oder Einsatzbereich in der Einrichtung (im Krankenhaus, Arztpraxen…).

Medical Free and Open Source Software